อุทยานแห่งชาติโคโมโดเป็นหนึ่งในจุดดำน้ำตื้นที่น่าตื่นตาที่สุดของอินโดนีเซีย เพราะแนวปะการังยังสมบูรณ์และมีสัตว์ทะเลหลากหลายมาก มีทั้งสปอตน้ำสงบเหมาะกับมือใหม่ และบางจุดที่มีกระแสน้ำแรงซึ่งเหมาะกับคนที่มีประสบการณ์มากกว่า
ทริปส่วนใหญ่มักพาไปยังจุดยอดนิยม เช่น Manta Point (ลุ้นเจอกระเบนราหู), Batu Bolong (แนวปะการังสวย), และ Pink Beach (ชายหาดสวย + ลงน้ำง่าย) ส่วนจุดที่มักสงบกว่าอย่าง Kanawa Island หรือ Manjarite ก็เหมาะกับการดำน้ำตื้นแบบสบาย ๆ
สิ่งสำคัญคือเลือกผู้ให้บริการที่ดี เพราะลูกเรือจะประเมินกระแสน้ำ น้ำขึ้น‑ลง และทัศนวิสัยก่อนลงน้ำ และสามารถปรับลำดับสปอตให้เหมาะกับสภาพทะเลเพื่อความปลอดภัยและประสบการณ์ที่ดีที่สุด

