La baignade à Komodo est sans danger à de nombreux arrêts habituels de l'excursion, mais ce n'est pas un endroit où il faut plonger simplement parce que l'eau semble calme. Le parc est réputé pour ses forts mouvements de marée, et certains chenaux peuvent générer des courants étonnamment puissants. Les bons guides choisissent les lieux de baignade en fonction de la marée et des conditions du jour, et pas seulement en suivant une liste fixe d'attractions.
Les plages protégées et les zones de récifs peu profondes sont généralement les endroits les plus faciles pour les nageurs occasionnels. Pink Beach et les secteurs abrités autour d'îles comme Kanawa sont généralement bien plus cléments que les sites de snorkeling en dérive exposés. Manta Point est une situation tout à fait différente : le courant y fait partie de l'expérience, et les nageurs doivent bien écouter le guide pour savoir où entrer dans l'eau, où le bateau viendra les récupérer et si les conditions sont adaptées.
Avant d'entrer dans l'eau, demandez quel est le courant et où vous êtes censé sortir. Portez un gilet de sauvetage ou de flottaison si vous n'êtes pas tout à fait à l'aise en eau libre. Il est aussi judicieux de rester raisonnablement près du groupe plutôt que de poursuivre une tortue ou une raie manta loin des autres. L'eau de Komodo est l'un des points forts du voyage, mais considérer chaque arrêt comme un environnement différent est bien plus sûr que de supposer que chaque belle baie est une piscine facile.

