बरसात के मौसम के दौरान अभी भी कोमोडो की सुरक्षित यात्रा की जा सकती है, लेकिन मई से अक्टूबर की तुलना में यात्रा की उम्मीद कम है। बारिश की अवधि आम तौर पर नवंबर से अप्रैल तक चलती है, सबसे भारी बारिश अक्सर जनवरी और फरवरी के आसपास होती है। बारिश ही शायद ही कभी मुख्य समस्या होती है। बड़ा मुद्दा यह है कि इसके साथ क्या आता है: तेज़ हवाएँ, कम दृश्यता, तेज़ पानी, और कभी-कभी यात्रा कार्यक्रम में बदलाव।
एक जिम्मेदार कप्तान मूल कार्यक्रम को लागू करने की कोशिश करने के बजाय वास्तविक परिस्थितियों के अनुसार दिन को समायोजित करेगा। इसका मतलब यह हो सकता है कि बाद में छोड़ना, किसी उजागर स्नॉर्कलिंग साइट को छोड़ना, संरक्षित खाड़ियों में अधिक समय बिताना, या द्वीपों का क्रम बदलना। बहु-दिवसीय यात्राओं पर, चालक दल के पास अधिक लचीलापन होता है क्योंकि वे तूफान का इंतज़ार कर सकते हैं या किसी सुरक्षित लंगरगाह में सो सकते हैं। तेज़ दिन वाली नौकाओं में सुधार करने के लिए कम जगह होती है, इसलिए पूर्वानुमान खराब होने पर रद्दीकरण की संभावना अधिक होती है।
यदि आप बरसात के मौसम में यात्रा करते हैं, तो अपने शेड्यूल में कुछ लचीलापन बनाएं और अपनी नाव के लौटने के तुरंत बाद उड़ान बुक करने से बचें। यदि आपको मोशन सिकनेस होने का खतरा है तो एक उचित ड्राई बैग, हल्की बारिश से बचाव और समुद्री बीमारी की दवा लाएँ। पार्क बरसात के महीनों में सुंदर होता है और अक्सर काफ़ी शांत होता है, लेकिन सबसे सुरक्षित तरीका यह स्वीकार करना है कि ब्रोशर पर छपे यात्रा कार्यक्रम को नहीं, बल्कि समुद्र को अंतिम निर्णय दिया जाता है।

