لا يزال من الممكن زيارة كومودو بأمان خلال موسم الأمطار، ولكن الرحلة أقل قابلية للتنبؤ بها مقارنة بالفترة من مايو إلى أكتوبر. تمتد الفترة الأكثر رطوبة عمومًا من نوفمبر إلى أبريل، وغالبًا ما تهطل الأمطار الغزيرة في شهري يناير وفبراير. نادرا ما يكون المطر في حد ذاته هو المشكلة الرئيسية. المشكلة الأكبر هي ما يأتي معها: رياح أقوى، وانخفاض الرؤية، ومياه أكثر وعورة، وتغييرات عرضية في مسار الرحلة.
سيقوم القبطان المسؤول بتعديل اليوم وفقًا للظروف الفعلية بدلاً من محاولة فرض الجدول الأصلي. قد يعني ذلك المغادرة لاحقًا، أو تخطي موقع غطس مكشوف، أو قضاء المزيد من الوقت في الخلجان المحمية، أو تغيير ترتيب الجزر. في الرحلات التي تستغرق عدة أيام، يتمتع أفراد الطاقم بمرونة أكبر لأنه يمكنهم الانتظار حتى انتهاء العاصفة أو النوم في مرسى محمي. تتمتع قوارب اليوم السريع بمساحة أقل للارتجال، لذا من المرجح أن تكون عمليات الإلغاء عندما تصبح التوقعات سيئة.
إذا سافرت في موسم الأمطار، قم ببناء بعض المرونة في جدولك وتجنب حجز رحلة مباشرة بعد عودة القارب الخاص بك. أحضر معك حقيبة جافة مناسبة، وحماية من المطر الخفيف، وأدوية دوار البحر إذا كنت عرضة لدوار الحركة. الحديقة جميلة في الأشهر الرطبة وغالبًا ما تكون أكثر هدوءًا بشكل ملحوظ، ولكن النهج الأكثر أمانًا هو قبول أن البحر، وليس خط سير الرحلة المطبوع في الكتيب، هو الذي له الكلمة الأخيرة.

