Komodo kan ook in het regenseizoen veilig worden bezocht, maar de reis is minder voorspelbaar dan van mei tot oktober. De natte periode loopt doorgaans van november tot april, waarbij de zwaarste regenval vaak in januari en februari valt. Regen zelf is zelden het grootste probleem. Het grotere probleem zijn de bijkomende verschijnselen: sterkere wind, verminderd zicht, ruwer water en af en toe wijzigingen in de route.
Een verantwoordelijke kapitein past de dag aan de werkelijke omstandigheden aan in plaats van het oorspronkelijke schema af te dwingen. Dat kan betekenen later vertrekken, een open snorkelplek overslaan, meer tijd doorbrengen in beschutte baaien of de volgorde van de eilanden wijzigen. Op meerdaagse reizen hebben bemanningen meer flexibiliteit, omdat ze een bui kunnen uitzitten of in een beschutte ankerplaats kunnen slapen. Snelle dagboten hebben minder ruimte om te improviseren, dus annuleringen zijn waarschijnlijker wanneer de voorspelling slechter wordt.
Als je in het regenseizoen reist, bouw dan wat flexibiliteit in je schema in en boek geen vlucht direct na terugkomst van je boot. Neem een goede dry bag, lichte regenbescherming en middelen tegen zeeziekte mee als je er gevoelig voor bent. Het park is in de natte maanden mooi en vaak merkbaar rustiger, maar de veiligste benadering is te accepteren dat de zee, en niet de route in de folder, het laatste woord heeft.

