De golfhoogte in Komodo verschilt sterk per seizoen, locatie en dagelijks weer. In het droge seizoen van mei tot oktober zijn de golven doorgaans gematigd, meestal variërend van kleine kabbeling onder 1 meter tot af en toe deining van 1–2 meter in open gebieden. De beschutte wateren rond Labuan Bajo en nabijgelegen eilanden zoals Rinca en Padar hebben vaak rustiger omstandigheden, geschikt voor snorkelen en comfortabel varen.
Tijdens het natte seizoen van november tot en met april kunnen de golven sneller en hoger worden. Gedeelten op open zee, met name op de overtocht van Lombok naar Flores, kunnen tijdens stormachtige perioden deining van meer dan 2 meter tegenkomen, en door wind opgewekte kabbeling kan de tocht ruw en nat maken. Plaatselijke weersystemen kunnen kortstondige omstandigheden veroorzaken die afwijken van de voorspellingen, daarom vertrouwen kapiteins net zozeer op ervaring als op instrumenten.
Binnen het park zelf bieden de eilanden enige natuurlijke beschutting, maar tussen landmassa's door kan deining wel binnenkomen. Ook snorkelplekken verschillen: sommige baaien zijn beschut en rustig, terwijl andere, zoals Manta Point, zelfs op relatief rustige dagen flinke oppervlaktedeining kunnen hebben. De golven die u ervaart, hangen sterk af van uw route, het type boot en geluk met het weervenster. Voor de rustigste tocht reist u in het droge seizoen, met name de piek van juli tot en met september, en kiest u voor routes vanuit Labuan Bajo in plaats van de langere overtocht als u gevoelig bent voor beweging.

