Ukuran ombak di Komodo sangat bervariasi tergantung musim, lokasi, dan cuaca harian. Selama musim kemarau dari Mei hingga Oktober, ombak umumnya sedang, biasanya berkisar dari riak kecil di bawah 1 meter hingga gelombang besar sesekali setinggi 1–2 meter di area terbuka. Perairan yang terlindung di sekitar Labuan Bajo dan pulau-pulau terdekat seperti Rinca dan Padar sering kali lebih tenang dan cocok untuk snorkeling serta pelayaran yang nyaman.
Selama musim hujan dari November hingga April, ombak dapat membesar dan lebih cepat. Bagian laut terbuka, terutama pada penyeberangan Lombok ke Flores, mungkin mengalami gelombang melebihi 2 meter selama periode badai, dan riak yang didorong angin dapat membuat perjalanan kasar dan basah. Sistem cuaca lokal dapat menghasilkan kondisi jangka pendek yang berbeda dari prakiraan, itulah sebabnya kapten mengandalkan pengalaman sama seperti instrumen.
Di dalam taman sendiri, pulau-pulau memberikan perlindungan alami, tetapi celah di antara daratan memungkinkan gelombang lewat. Lokasi snorkeling juga bervariasi: beberapa teluk terlindung dan tenang, sementara lokasi lain seperti Manta Point bisa memiliki hempasan permukaan yang signifikan bahkan pada hari yang relatif tenang. Ombak yang Anda alami sangat bergantung pada rute, jenis kapal, dan keberuntungan cuaca. Untuk perjalanan yang paling nyaman, bepergian pada puncak musim kemarau dari Juli hingga September dan pilih itinerary berbasis Labuan Bajo daripada penyeberangan yang lebih panjang jika Anda sensitif terhadap gerakan.

