コモドの波の大きさは、季節、場所、その日の天候によって大きく異なります。5月から10月までの乾季は、一般的に波は穏やかで、1メートル未満の小さな波立ちから、露出した場所での時折の1〜2メートルのうねりまでが一般的です。ラブアンバジョ周辺や、リンカ島、パダル島などの近くの島々の守られた海域は、シュノーケリングや快適なクルージングに適した穏やかな状態であることが多いです。
11月から4月までの雨季は、波がより大きく、より速く発達することがあります。特にロンボクからフローレス島への横断など、外洋の区間では、嵐の時期に2メートルを超えるうねりに遭遇することがあり、風によって生じる波で航行が荒れて濡れることがあります。局地的な気象条件は予報と異なる短期的な状況を生むことがあり、そのため船長は計器だけでなく経験にも頼っています。
公園内では、島々がある程度の自然の防護となりますが、陸地の間の隙間からはうねりが入ってきます。シュノーケリングのポイントも様々です。入り江によっては守られていて穏やかな場所もありますが、マンタポイントのように、比較的穏やかな日でも水面に大きな流れがあることがあります。体験する波は、ルート、ボートの種類、天候の巡り合わせに大きく左右されます。最も快適な航海をお望みなら、7月から9月の乾季のピーク時に旅行し、乗り物酔いしやすい方は、長距離の横断ではなく、ラブアンバジョを拠点とした行程を選んでください。

