El tamaño de las olas en Komodo varía mucho según la temporada, la ubicación y el tiempo de cada día. Durante la temporada seca, de mayo a octubre, las olas suelen ser moderadas: desde un pequeño oleaje de menos de 1 metro hasta oleajes ocasionales de 1–2 metros en zonas expuestas. Las aguas protegidas alrededor de Labuan Bajo y de islas cercanas como Rinca y Padar suelen estar más tranquilas, lo que las hace idóneas para el esnórquel y una navegación cómoda.
Durante la temporada de lluvias, de noviembre a abril, las olas pueden crecer más y más deprisa. En los tramos de mar abierto, sobre todo en la travesía de Lombok a Flores, pueden encontrarse oleajes de más de 2 metros durante los periodos de tormenta, y el mar picado provocado por el viento puede hacer el trayecto agitado y mojado. Los sistemas meteorológicos locales pueden generar condiciones de corta duración distintas de las previsiones, por eso los capitanes confían tanto en la experiencia como en los instrumentos.
Dentro del parque, las islas ofrecen cierta protección natural, pero los huecos entre las masas de tierra dejan pasar el oleaje. Los puntos de esnórquel también varían: algunas bahías están protegidas y tranquilas, mientras que otras, como Manta Point, pueden tener una fuerte resaca en superficie incluso en días relativamente tranquilos. Las olas que experimentas dependen en gran medida de tu ruta, del tipo de barco y de la suerte con la ventana meteorológica. Para la navegación más suave, viaja en el pico de la temporada seca, de julio a septiembre, y elige itinerarios desde Labuan Bajo en lugar de la travesía más larga si eres sensible al movimiento.

