Velikost valov v Komodo se močno razlikuje glede na letni čas, lokacijo in dnevno vreme. V sušnem obdobju od maja do oktobra so valovi na splošno zmerni – običajno segajo od majhnih valov pod meter do občasnih valov 1–2 metra na izpostavljenih območjih. Zavetne vode okoli Labuan Bajo in bližnjih otokov, kot sta Rinca in Padar, so pogosto mirnejše, primerne za potapljanje in udobno križarjenje.
Med deževno sezono od novembra do aprila lahko valovi nastanejo večji in hitreje. Odseki na odprtem morju – zlasti na prehodu Lombok-Flores – lahko naletijo na valove, ki presegajo 2 metra v nevihtnih obdobjih, zaradi vetra pa lahko postane vožnja groba in mokra. Lokalizirani vremenski sistemi lahko ustvarijo kratkoročne razmere, ki se razlikujejo od napovedi, zato se kapitani zanašajo tako na izkušnje kot na instrumente.
Znotraj samega parka otoki zagotavljajo nekaj naravnega zavetja, vendar vrzeli med kopenskimi masami omogočajo nabrekanje. Mesta za snorklanje se prav tako razlikujejo: nekateri zalivi so zaščiteni in mirni, medtem ko imajo drugi, kot je Manta Point, lahko precejšnje površje tudi v razmeroma mirnih dneh. Valovi, ki jih doživite, so močno odvisni od vaše poti, vrste čolna in sreče z vremenskim okvirom. Za najbolj gladko vožnjo potujte med vrhuncem sušne sezone od julija do septembra in se držite itinerarjev, ki temeljijo na Labuan Baju, namesto daljšega prečkanja, če ste občutljivi na gibanje.

