Wielkość fal w Komodo różni się znacznie w zależności od pory roku, lokalizacji i codziennej pogody. W porze suchej od maja do października fale są na ogół umiarkowane – zazwyczaj wahają się od małych kawałków poniżej metra do sporadycznych fal o długości 1–2 metrów w odsłoniętych obszarach. W osłoniętych wodach wokół Labuan Bajo i pobliskich wysp, takich jak Rinca i Padar, często panują spokojniejsze warunki, odpowiednie do snorkelingu i wygodnego rejsu.
W porze deszczowej od listopada do kwietnia fale mogą tworzyć się większe i szybsze. Na odcinkach otwartego morza, szczególnie na przeprawie z Lombok do Flores, w okresach sztormowych mogą wystąpić wezbrania przekraczające 2 metry, a wzburzenie powodowane przez wiatr może sprawić, że jazda będzie nierówna i mokra. Zlokalizowane systemy pogodowe mogą wytwarzać krótkoterminowe warunki różniące się od prognoz, dlatego kapitanowie w równym stopniu polegają na doświadczeniu, jak i na instrumentach.
W samym parku wyspy zapewniają naturalne schronienie, ale szczeliny między lądami umożliwiają przebijanie się przez nie. Miejsca do snorkelingu również są różne: niektóre zatoki są chronione i spokojne, podczas gdy inne, takie jak Manta Point, mogą charakteryzować się znacznym wzrostem powierzchni nawet w stosunkowo spokojne dni. Fale, które napotkasz, zależą w dużej mierze od trasy, rodzaju łodzi i szczęścia w oknie pogodowym. Aby podróż była płynna, podróżuj w szczycie pory suchej od lipca do września i trzymaj się tras opartych na Labuan Bajo, a nie dłuższej przeprawy, jeśli jesteś wrażliwy na ruch.

