エコフレンドリーなコモドクルーズはありますか？

あります。近年は、環境負荷を減らす取り組みをするクルーズも増えています。例えば：

・ペットボトル削減（給水タンク＋リフィル）
・ゴミの分別と持ち帰り
・サンゴを傷つけにくい係留（できる範囲で）
・地元コミュニティに配慮した運営

ただし「エコ」と書いてあっても内容は様々なので、具体的に何をしているかを事前に確認すると安心です。