Een Komodo-tocht is over het algemeen veilig als je boekt bij gevestigde aanbieders die hun schepen onderhouden en de lokale regels volgen. De meeste tochten gebruiken traditionele phinisi-boten voor rondreizen vanuit Labuan Bajo, of grotere motorschepen voor oversteken van Lombok naar Flores. Betrouwbare boten hebben zwemvesten, marifoonradio's en sommige hebben satelliettelefoons voor noodgevallen. De bemanning bestaat meestal uit ervaren kapiteins die de lokale wateren en seizoenspatronen kennen, die in de Flores-zee snel kunnen omslaan.
Veiligheid op een Komodo-tocht bestaat uit meerdere lagen. Op het land begeleiden parkwachters elke groep op Komodo of Rinca om ontmoetingen met varanen te beheren. Dat zijn opportunistische toproofdieren die in korte sprintjes tot 20 km/u kunnen rennen en aas van enkele kilometers afstand kunnen ruiken. In het water beoordelen gidsen de omstandigheden bij elke snorkelplek, want stroming verschilt sterk per locatie en getij. Manta Point kan bijvoorbeeld sterke drift hebben, terwijl Pink Beach meestal rustiger is. Op de boot houden operators het weer in de gaten en kunnen ze vertrekken uitstellen of routes aanpassen als de omstandigheden verslechteren. Er is geen ziekenhuis binnen het nationale park. Labuan Bajo heeft klinieken, maar ernstige problemen vereisen evacuatie naar Bali. We raden altijd aan te controleren of je gekozen tocht basisveiligheidsuitrusting bevat en dat je een reisverzekering met evacuatiedekking hebt.

