Тур Комодо, як правило, безпечний, якщо бронювати його через відомих операторів, які обслуговують свої судна та дотримуються місцевих правил. У більшості турів використовуються або традиційні човни фінісі для круїзів Лабуан Баджо в обидві сторони, або більші моторні судна для перетину Ломбок-Флорес. На відомих човнах є рятувальні жилети, радіостанції, а деякі мають супутникові телефони для екстрених випадків. Екіпаж зазвичай складається з досвідчених капітанів, знайомих з місцевими водами та сезонними погодними умовами, які можуть швидко змінюватися у Флоресовому морі.
Безпека під час туру Комодо включає кілька рівнів. На суші рейнджери парку супроводжують кожну групу, яка відвідує острови Комодо або Рінка, щоб впоратися з зустріччю з драконами — оппортуністичними верхівковими хижаками, які можуть швидко розвивати швидкість до 20 км/год і виявляти падло за кілька кілометрів. У воді гіди оцінюють умови на кожному місці для підводного плавання, оскільки течії різко відрізняються залежно від місця розташування та припливу. Manta Point, наприклад, може мати сильний дрейф, тоді як Pink Beach зазвичай спокійніший. На човні оператори стежать за погодою та можуть відкласти відправлення або змінити маршрути, якщо умови погіршаться. На території національного парку немає лікарні; У Лабуан Баджо є клініки, але серйозні проблеми вимагають евакуації на Балі. Ми завжди рекомендуємо підтверджувати, що обраний вами тур містить базове обладнання для безпеки та що у вас є туристична страховка, яка покриває евакуацію.

