Національний парк Комодо безпечний для відвідувачів, які дотримуються стандартних заходів безпеки та поважають навколишнє середовище. Як об’єкт Всесвітньої спадщини ЮНЕСКО, створений у 1980 році, парк діє під керівництвом Міністерства навколишнього середовища та лісового господарства Індонезії з установленими протоколами рейнджерів, позначеними стежками та регульованою практикою туризму. Найважливішим фактором безпеки є сам комодський варан — найбільша ящірка у світі, самці якої досягають 3 метрів і 150 кг. Рейнджери супроводжують усіх туристів на островах Комодо та Рінка, носять дерев’яні роздвоєні палиці для контролю натовпу та дотримуються суворих правил дистанції та поведінки. Відвідувачам наказано залишатися зі своєю групою, не наближатися до драконів і не годувати їх, а також тримати дітей під пильним наглядом.
Окрім дикої природи, морське середовище парку також вимагає уваги. Деякі місця для підводного плавання, як-от Манта-Пойнт, відчувають сильні течії та хвилі, тоді як інші, як-от острів Канава, спокійніші та краще підходять для початківців. Гіди зазвичай спостерігають за плавцями з човна або самі заходять у воду. Настійно рекомендується використовувати рятувальні жилети, особливо менш впевненим у собі снорклінгам. На самих островах немає лікарень — Лабуан Баджо пропонує базові медичні засоби, і в серйозних надзвичайних ситуаціях може знадобитися евакуація на Балі. Настійно рекомендується туристичне страхування, яке покриває медичну евакуацію. Місцевість нерівна та суха, температура досягає близько 40°C протягом сухого сезону (травень–жовтень), тому захист від сонця, зволоження та відповідне взуття для походів, як-от оглядових майданчиків острова Падар, є важливими.

