อุทยานแห่งชาติโคโมโดมีความปลอดภัยสำหรับผู้มาเยือนที่ปฏิบัติตามข้อควรระวังมาตรฐานและเคารพสิ่งแวดล้อม อุทยานแห่งนี้ได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นมรดกโลกโดยองค์การยูเนสโกเมื่อปี พ.ศ. 2523 ภายใต้กระทรวงสิ่งแวดล้อมและป่าไม้ของอินโดนีเซีย โดยมีระเบียบปฏิบัติของเจ้าหน้าที่พิทักษ์ป่า เส้นทางที่ทำเครื่องหมายไว้ และแนวทางปฏิบัติด้านการท่องเที่ยวที่ได้รับการควบคุม ข้อพิจารณาด้านความปลอดภัยที่สำคัญที่สุดคือมังกรโคโมโดซึ่งเป็นกิ้งก่าที่ใหญ่ที่สุดในโลก โดยตัวผู้จะสูงถึง 3 เมตรและหนัก 150 กิโลกรัม เจ้าหน้าที่พิทักษ์ป่าจะติดตามนักท่องเที่ยวทุกคนบนเกาะโคโมโดและรินกา ถือส้อมไม้เพื่อควบคุมฝูงชน และบังคับใช้กฎเกณฑ์ที่เข้มงวดเกี่ยวกับระยะทางและพฤติกรรม ผู้เยี่ยมชมจะได้รับคำแนะนำให้อยู่ร่วมกับกลุ่มของตน หลีกเลี่ยงการเข้าใกล้หรือให้อาหารมังกร และดูแลเด็กๆ อย่างใกล้ชิด
นอกเหนือจากสัตว์ป่าแล้ว สภาพแวดล้อมทางทะเลของอุทยานยังต้องการความตระหนักรู้อีกด้วย สถานที่ดำน้ำตื้นบางแห่ง เช่น Manta Point ต้องเผชิญกับกระแสน้ำและคลื่นที่รุนแรง ในขณะที่สถานที่อื่นๆ เช่น เกาะ Kanawa นั้นเงียบสงบกว่าและเหมาะสำหรับผู้เริ่มต้นมากกว่า โดยทั่วไปแล้วไกด์จะคอยติดตามนักว่ายน้ำจากเรือหรือลงไปในน้ำด้วยตนเอง แนะนำให้ใช้เสื้อชูชีพ โดยเฉพาะสำหรับผู้ที่ไม่มั่นใจในการดำน้ำตื้น บนเกาะแห่งนี้ไม่มีโรงพยาบาล เนื่องจากลาบวนบาโจมีสิ่งอำนวยความสะดวกทางการแพทย์ขั้นพื้นฐาน และเหตุฉุกเฉินร้ายแรงอาจต้องอพยพไปยังบาหลี ขอแนะนำอย่างยิ่งให้ทำประกันการเดินทางที่ครอบคลุมการอพยพทางการแพทย์ ภูมิประเทศมีความขรุขระและแห้ง โดยมีอุณหภูมิสูงถึงประมาณ 40°C ในช่วงฤดูแล้ง (พฤษภาคม-ตุลาคม) ดังนั้นครีมกันแดด การให้น้ำ และรองเท้าที่เหมาะสมสำหรับการเดินป่า เช่น จุดชมวิวของเกาะปาดาร์จึงเป็นสิ่งจำเป็น

