Национальный парк Комодо безопасен для посетителей, которые соблюдают стандартные меры предосторожности и уважают окружающую среду. Будучи объектом Всемирного наследия ЮНЕСКО, созданным в 1980 году, парк находится в ведении Министерства окружающей среды и лесного хозяйства Индонезии с установленными протоколами рейнджеров, обозначенными тропами и регулируемой туристической практикой. Наиболее важным фактором безопасности является сам варан Комодо — самая большая ящерица в мире, самцы которой достигают 3 метров и 150 кг. Рейнджеры сопровождают всех туристов на островах Комодо и Ринка, носят с собой деревянные раздвоенные палки для сдерживания толпы и соблюдают строгие правила дистанции и поведения. Посетителям рекомендуется оставаться в своей группе, избегать приближения и кормления драконов и внимательно следить за детьми.
Помимо дикой природы, внимания требует и морская среда парка. В некоторых местах для подводного плавания, таких как Манта-Пойнт, наблюдаются сильные течения и волны, в то время как другие, такие как остров Канава, более спокойны и лучше подходят для новичков. Гиды обычно наблюдают за пловцами с лодки или сами входят в воду. Настоятельно рекомендуется использовать спасательные жилеты, особенно для менее уверенных в себе любителей подводного плавания. На самих островах больниц нет — на Лабуан Баджо имеется базовая медицинская помощь, а серьезные чрезвычайные ситуации могут потребовать эвакуации на Бали. Настоятельно рекомендуется застраховать путешествие, покрывающее медицинскую эвакуацию. Местность пересеченная и сухая, температура в засушливый сезон (май – октябрь) достигает около 40°C, поэтому защита от солнца, увлажнение и подходящая обувь для походов, таких как смотровые площадки острова Падар, необходимы.

