科莫多國家公園對於遵循標準預防措施並尊重環境的遊客來說是安全的。該公園於 1980 年被聯合國教科文組織列為世界遺產,由印尼環境和林業部負責運營,制定了護林員協議、有標記的步道和受監管的旅遊實踐。最重要的安全考量是科莫多巨蜥本身,它是世界上最大的蜥蜴,雄性可達 3 公尺、重 150 公斤。護林員陪伴科莫多島和林卡島的所有遊客,攜帶木叉棍棒控制人群,並執行嚴格的距離和行為規則。遊客被指示與他們的群體待在一起,避免接近或餵食龍,並嚴密看管兒童。
除了野生動物之外,公園的海洋環境也需要人們的關注。其他浮潛地點如曼塔角 (Manta Point) 的水流強勁,海浪洶湧,而卡納瓦島 (Kanawa Island) 等其他浮潛地點則較為平靜,更適合初學者。導遊通常會在船上監視游泳者或親自下水。強烈建議穿著救生衣,尤其是對於不太自信的浮潛者。島上沒有醫院——納閩巴霍提供基本的醫療設施,嚴重的緊急情況可能需要疏散到峇裡島。強烈建議購買涵蓋醫療運送的旅遊保險。這裡地形崎嶇且乾燥,旱季(5 月至 10 月)氣溫達到 40°C 左右,因此防曬、保濕和適合徒步(如帕達爾島觀景台)的鞋子至關重要。

