Narodni park Komodo je varen za obiskovalce, ki upoštevajo standardne varnostne ukrepe in spoštujejo okolje. Kot območje Unescove svetovne dediščine, ustanovljeno leta 1980, park deluje pod indonezijskim ministrstvom za okolje in gozdarstvo z vzpostavljenimi protokoli nadzornikov, označenimi potmi in reguliranimi turističnimi praksami. Najpomembnejši vidik varnosti je sam komodoški varan – največji kuščar na svetu, samci katerega dosežejo do 3 metre in 150 kg. Rangerji spremljajo vse turiste na otokih Komodo in Rinca, nosijo lesene razcepljene palice za nadzor množice in uveljavljajo stroga pravila glede razdalje in obnašanja. Obiskovalcem je naročeno, naj ostanejo s svojo skupino, se izogibajo približevanju ali hranjenju zmajev in naj skrbno nadzorujejo otroke.
Poleg prostoživečih živali je potrebno zavedanje tudi o morskem okolju parka. Nekatera mesta za potapljanje z masko, kot je Manta Point, doživljajo močne tokove in valove, medtem ko so druga, kot je otok Kanawa, mirnejša in bolj primerna za začetnike. Vodniki običajno spremljajo plavalce iz čolna ali pa sami vstopijo v vodo. Rešilni jopiči so zelo priporočljivi, zlasti za manj samozavestne potapljače. Na samih otokih ni bolnišnic – Labuan Bajo nudi osnovne zdravstvene storitve in resne nujne primere lahko zahtevajo evakuacijo na Bali. Močno priporočamo potovalno zavarovanje, ki krije medicinsko evakuacijo. Teren je razgiban in suh, saj temperature v sušnem obdobju (maj–oktober) dosežejo okoli 40 °C, zato so zaščita pred soncem, hidracija in ustrezna obutev bistvenega pomena za pohode, kot so razgledne točke otoka Padar.

