Največje nevarnosti v Komodo so srečanja z divjimi živalmi, močni morski tokovi, oddaljeni zdravstveni dostop in tveganja, povezana z vremenom. Komodoški varan je na vrhu seznama: samci dosežejo 3 metre in 150 kg, tečejo 20 km/h v rafalih in imajo strupene ugrize, polne bakterij. Rangerji spremljajo vsako skupino, vendar je nevarnost resnična, če obiskovalci ignorirajo navodila, se približajo zmajem ali tavajo sami. Leta 2007 se je zgodil smrtni napad, ugrizi pa zahtevajo takojšnjo zdravniško pomoč.
Morski tokovi so druga velika nevarnost. Mesta, kot je Manta Point, lahko ustvarijo močan drift in val, ki izzovejo izkušene plavalce. Vodniki običajno ocenijo pogoje, preden dovolijo vstop, vendar je pomembna osebna presoja – plavanje, ki presega vaše sposobnosti, v močnem toku je resnično nevarno. Tretja nevarnost je izolacija. Na nobenem otoku v parku ni bolnišnic. Labuan Bajo ima osnovne zmogljivosti, vendar resne nujne primere zahtevajo evakuacijo na Bali, kar zahteva čas in koordinacijo. Vreme vpliva na vse: morje Flores se lahko hitro razburka, zlasti v deževnem obdobju (november–april), zaradi okvar čolna ali zamud zaradi slabega vremena pa ste odvisni od pripravljenosti posadke. Dobri operaterji imajo pri sebi radijske sprejemnike, satelitske telefone, rešilne jopiče in načrte za nujne primere. Slabi operaterji morda ne. Previdna izbira je lasten varnostni ukrep.

