Największymi zagrożeniami na Komodo są spotkania z dziką przyrodą, silne prądy morskie, zdalny dostęp do lekarzy i ryzyko związane z pogodą. Na szczycie listy znajduje się smok z Komodo: samce osiągają 3 metry i 150 kg, biegają z szybkością 20 km/h i mają jadowite ukąszenia wypełnione bakteriami. Strażnicy towarzyszą każdej grupie, ale niebezpieczeństwo jest realne, jeśli odwiedzający zignorują instrukcje, zbliżą się do smoków lub będą wędrować samotnie. Śmiertelny atak miał miejsce w 2007 roku, a ukąszenia wymagają natychmiastowej pomocy lekarskiej.
Drugim poważnym zagrożeniem są prądy morskie. Miejsca takie jak Manta Point mogą powodować potężne dryfowanie i przypływy, które stanowią wyzwanie dla doświadczonych pływaków. Przewodnicy zazwyczaj oceniają warunki przed zezwoleniem na wejście, ale liczy się osobisty osąd – pływanie w silnym nurcie powyżej swoich możliwości jest naprawdę niebezpieczne. Trzecim niebezpieczeństwem jest izolacja. Na żadnej z wysp parku nie ma szpitali. Labuan Bajo ma podstawowe wyposażenie, ale poważne sytuacje awaryjne wymagają ewakuacji na Bali, co wymaga czasu i koordynacji. Pogoda ma na to wpływ: Morze Floresa może szybko stać się wzburzone, szczególnie w porze deszczowej (listopad–kwiecień), a awarie łodzi lub opóźnienia spowodowane złą pogodą sprawiają, że jesteś zależny od przygotowania załogi. Dobrzy operatorzy noszą ze sobą radia, telefony satelitarne, kamizelki ratunkowe i plany awaryjne. Źli operatorzy mogą nie. Uważny wybór jest środkiem bezpieczeństwa samym w sobie.

