De største farer i Komodo er møder med vilde dyr, stærke havstrømme, fjernmedicinsk adgang og vejrrelaterede risici. Komodo-dragen topper listen: hannerne når 3 meter og 150 kg, løber 20 km/t i brud og har giftige bid fyldt med bakterier. Rangers ledsager hver gruppe, men faren er reel, hvis besøgende ignorerer instruktioner, nærmer sig drager eller vandrer alene. Et fatalt angreb fandt sted i 2007, og bid kræver øjeblikkelig lægehjælp.
Havstrømme er den anden store fare. Websteder som Manta Point kan producere kraftig drift og bølge, der udfordrer erfarne svømmere. Guider vurderer normalt forholdene, før de tillader adgang, men personlig dømmekraft betyder noget – svømning ud over dine evner i stærk strøm er virkelig farligt. Den tredje fare er isolation. Der er ingen hospitaler på nogen af parkens øer. Labuan Bajo har basale faciliteter, men alvorlige nødsituationer kræver evakuering til Bali, hvilket tager tid og koordinering. Vejret forstærker alt: Floreshavet kan hurtigt blive hårdt, især i den våde sæson (november-april), og bådhavari eller forsinkelser i dårligt vejr gør dig afhængig af besætningens forberedelse. Gode operatører bærer radioer, satellittelefoner, redningsveste og nødplaner. Dårlige operatører måske ikke. At vælge omhyggeligt er dens egen sikkerhedsforanstaltning.

