Bahaya terbesar di Komodo ialah pertemuan hidupan liar, arus laut yang kuat, akses perubatan jauh dan risiko berkaitan cuaca. Naga Komodo mendahului senarai: jantan mencapai 3 meter dan 150 kg, berlari 20 km/j dalam letupan, dan mempunyai gigitan berbisa yang sarat dengan bakteria. Renjer mengiringi setiap kumpulan, tetapi bahaya adalah nyata jika pelawat mengabaikan arahan, mendekati naga, atau merayau sendirian. Serangan maut berlaku pada tahun 2007, dan gigitan memerlukan perhatian perubatan segera.
Arus marin adalah bahaya utama kedua. Tapak seperti Manta Point boleh menghasilkan drift yang kuat dan lonjakan yang mencabar perenang berpengalaman. Pemandu biasanya menilai keadaan sebelum membenarkan kemasukan, tetapi pertimbangan peribadi penting-berenang di luar kemampuan anda dalam arus deras adalah benar-benar berbahaya. Bahaya ketiga ialah pengasingan. Tiada hospital di mana-mana pulau taman itu. Labuan Bajo mempunyai kemudahan asas, tetapi kecemasan serius memerlukan pemindahan ke Bali, yang memerlukan masa dan penyelarasan. Cuaca menggabungkan segala-galanya: Laut Flores boleh bertukar bergelora dengan cepat, terutamanya semasa musim hujan (November–April), dan kerosakan bot atau kelewatan dalam cuaca buruk menyebabkan anda bergantung pada persediaan anak kapal. Pengendali yang baik membawa radio, telefon satelit, jaket keselamatan dan pelan kecemasan. Pengendali yang buruk mungkin tidak. Memilih dengan teliti adalah langkah keselamatannya sendiri.

