Bahaya terbesar di Komodo adalah perjumpaan dengan satwa liar, arus laut yang kuat, akses medis yang terpencil, dan risiko terkait cuaca. Naga Komodo berada di urutan teratas: jantannya mencapai 3 meter dan 150 kg, dapat berlari 20 km/jam dalam semburan, dan memiliki gigitan berbisa yang penuh bakteri. Ranger mendampingi setiap kelompok, tetapi bahaya tetap nyata jika pengunjung mengabaikan instruksi, mendekati naga, atau berjalan sendirian. Serangan fatal terjadi pada 2007, dan gigitan memerlukan penanganan medis segera.
Arus laut adalah bahaya utama kedua. Lokasi seperti Manta Point dapat menghasilkan hanyutan dan gelombang kuat yang menantang perenang berpengalaman. Pemandu biasanya menilai kondisi sebelum mengizinkan masuk ke air, tetapi penilaian pribadi juga penting: berenang melampaui kemampuan Anda dalam arus kuat benar-benar berbahaya. Bahaya ketiga adalah isolasi. Tidak ada rumah sakit di pulau mana pun di taman ini. Labuan Bajo memiliki fasilitas dasar, tetapi keadaan darurat serius memerlukan evakuasi ke Bali, yang membutuhkan waktu dan koordinasi. Cuaca memperparah semuanya: Laut Flores dapat bergelombang dengan cepat, terutama selama musim hujan (November–April), dan kerusakan perahu atau keterlambatan dalam cuaca buruk membuat Anda bergantung pada persiapan awak. Operator yang baik membawa radio, telepon satelit, jaket pelampung, dan rencana darurat. Operator yang buruk mungkin tidak. Memilih dengan cermat adalah langkah keselamatan tersendiri.

