أكبر المخاطر في كومودو هي مواجهات الحياة البرية، والتيارات البحرية القوية، والوصول الطبي عن بعد، والمخاطر المرتبطة بالطقس. يتصدر تنين كومودو القائمة: يصل طول الذكور إلى 3 أمتار ووزن 150 كجم، ويركضون بسرعة 20 كم/ساعة على دفعات، ويمتلكون لدغات سامة محملة بالبكتيريا. يرافق الحراس كل مجموعة، لكن الخطر يكون حقيقيًا إذا تجاهل الزوار التعليمات، أو اقتربوا من التنانين، أو تجولوا بمفردهم. وقع هجوم مميت في عام 2007، وتتطلب اللدغات عناية طبية فورية.
التيارات البحرية هي الخطر الرئيسي الثاني. يمكن لمواقع مثل Manta Point أن تنتج انجرافًا قويًا واندفاعًا يتحدى السباحين ذوي الخبرة. عادةً ما يقوم المرشدون بتقييم الظروف قبل السماح بالدخول، لكن الحكم الشخصي مهم – فالسباحة بما يتجاوز قدرتك في تيار قوي أمر خطير حقًا. الخطر الثالث هو العزلة. لا توجد مستشفيات في أي من جزر المنتزه. تتوفر في لابوان باجو المرافق الأساسية، لكن حالات الطوارئ الخطيرة تتطلب الإخلاء إلى بالي، الأمر الذي يستغرق وقتًا وتنسيقًا. يعقد الطقس كل شيء: يمكن أن يصبح بحر فلوريس هائجًا بسرعة، خاصة خلال موسم الأمطار (نوفمبر-أبريل)، كما أن تعطل القوارب أو التأخير بسبب سوء الأحوال الجوية يجعلك تعتمد على استعداد الطاقم. يحمل المشغلون الجيدون أجهزة الراديو والهواتف الفضائية وسترات النجاة وخطط الطوارئ. المشغلين السيئين قد لا يفعلون ذلك. الاختيار بعناية هو إجراء السلامة الخاص به.

