Самыми большими опасностями на Комодо являются встречи с дикими животными, сильные морские течения, удаленный доступ к медицинской помощи и риски, связанные с погодой. Возглавляет список варан Комодо: самцы достигают 3 метров и 150 кг, бегают со скоростью 20 км/ч и обладают ядовитыми укусами, наполненными бактериями. Каждую группу сопровождают рейнджеры, но опасность реальна, если посетители игнорируют инструкции, приближаются к драконам или бродят в одиночку. В 2007 году произошло смертельное нападение, и укусы требуют немедленной медицинской помощи.
Морские течения являются второй серьезной опасностью. Такие места, как Манта-Пойнт, могут вызывать мощные дрейфы и волны, которые бросают вызов опытным пловцам. Гиды обычно оценивают условия, прежде чем разрешить вход, но личное суждение имеет значение: плыть сверх своих возможностей в сильном течении действительно опасно. Третья опасность – изоляция. Ни на одном из островов парка нет больниц. В Лабуан Баджо есть базовые удобства, но серьезные чрезвычайные ситуации требуют эвакуации на Бали, что требует времени и координации. Погода усугубляет все: море Флорес может быстро стать неспокойным, особенно в сезон дождей (ноябрь – апрель), а поломки или задержки лодок из-за плохой погоды оставляют вас в зависимости от подготовки экипажа. Хорошие операторы имеют при себе радиоприемники, спутниковые телефоны, спасательные жилеты и планы действий в чрезвычайных ситуациях. Плохие операторы не могут этого сделать. Тщательный выбор сам по себе является мерой безопасности.

