อันตรายที่ใหญ่ที่สุดในโคโมโดคือการเผชิญหน้ากับสัตว์ป่า กระแสน้ำในทะเลที่รุนแรง การเข้าถึงการรักษาพยาบาลจากระยะไกล และความเสี่ยงที่เกี่ยวข้องกับสภาพอากาศ มังกรโคโมโดติดอันดับสูงสุดในรายชื่อ: ตัวผู้สูงถึง 3 เมตรและหนัก 150 กก. วิ่งด้วยความเร็ว 20 กม./ชม. เมื่อระเบิด และมีพิษกัดเต็มไปด้วยแบคทีเรีย เรนเจอร์ติดตามทุกกลุ่ม แต่อันตรายจะเกิดขึ้นจริงหากผู้มาเยือนเพิกเฉยต่อคำแนะนำ เข้าใกล้มังกร หรือเดินไปตามลำพัง เหตุโจมตีร้ายแรงเกิดขึ้นในปี 2550 และการถูกกัดต้องได้รับการดูแลจากแพทย์ทันที
กระแสน้ำในทะเลถือเป็นอันตรายหลักอันดับสอง สถานที่อย่าง Manta Point สามารถสร้างกระแสน้ำและคลื่นอันทรงพลังที่ท้าทายนักว่ายน้ำที่มีประสบการณ์ โดยปกติแล้ว ไกด์จะประเมินเงื่อนไขต่างๆ ก่อนอนุญาตให้เข้าไปได้ แต่วิจารณญาณส่วนบุคคลเป็นสิ่งสำคัญที่ว่าการว่ายน้ำเกินความสามารถของคุณในกระแสน้ำที่แรงนั้นเป็นอันตรายอย่างแท้จริง อันตรายประการที่สามคือการโดดเดี่ยว ไม่มีโรงพยาบาลบนเกาะใด ๆ ของอุทยาน ลาบวน บาโจมีสิ่งอำนวยความสะดวกขั้นพื้นฐาน แต่ในกรณีฉุกเฉินร้ายแรงจำเป็นต้องอพยพไปยังบาหลี ซึ่งต้องใช้เวลาและการประสานงาน สภาพอากาศผสมผสานทุกสิ่ง: ทะเลฟลอเรสสามารถพลิกผันได้อย่างรวดเร็ว โดยเฉพาะในช่วงฤดูฝน (พฤศจิกายน-เมษายน) และเรือพังหรือล่าช้าเนื่องจากสภาพอากาศเลวร้าย ทำให้คุณขึ้นอยู่กับการเตรียมการของลูกเรือ ผู้ปฏิบัติงานที่ดีจะพกพาวิทยุ โทรศัพท์ผ่านดาวเทียม เสื้อชูชีพ และแผนฉุกเฉิน ตัวดำเนินการที่ไม่ดีอาจไม่ การเลือกอย่างระมัดระวังเป็นมาตรการความปลอดภัยของตัวเอง

