De grootste gevaren in Komodo zijn ontmoetingen met wilde dieren, sterke zeestromingen, beperkte medische toegang op afgelegen plekken en weergerelateerde risico's. De Komodo-draak staat bovenaan de lijst: mannetjes worden 3 meter lang en 150 kg zwaar, rennen in uitbarstingen 20 km/u en hebben giftige beten die vol bacteriën zitten. Rangers begeleiden elke groep, maar het gevaar is reëel als bezoekers instructies negeren, dichtbij draken komen of alleen rondlopen. In 2007 vond een dodelijke aanval plaats, en beten vereisen onmiddellijke medische behandeling.
Zeestromingen vormen het tweede grote gevaar. Plekken als Manta Point kunnen krachtige drift en deining veroorzaken die ervaren zwemmers uitdagen. Gidsen beoordelen meestal de omstandigheden voordat ze toegang toestaan, maar persoonlijk oordeel is belangrijk: zwemmen buiten je kunnen in sterke stroming is echt gevaarlijk. Het derde gevaar is isolatie. Er zijn geen ziekenhuizen op de eilanden van het park. Labuan Bajo heeft basisvoorzieningen, maar ernstige noodgevallen vereisen evacuatie naar Bali, wat tijd en coördinatie kost. Het weer maakt alles erger: de Flores-zee kan snel ruw worden, vooral in het regenseizoen (november–april), en storingen of vertragingen door slecht weer maken je afhankelijk van de voorbereiding van de bemanning. Goede aanbieders hebben radio's, satelliettelefoons, reddingsvesten en noodplannen. Slechte aanbieders mogelijk niet. Zorgvuldig kiezen is op zich al een veiligheidsmaatregel.

