Die größten Gefahren auf Komodo sind Begegnungen mit Wildtieren, starke Meeresströmungen, eingeschränkte medizinische Versorgung in abgelegenen Gebieten und wetterbedingte Risiken. An der Spitze stehen die Komodowarane: Männchen erreichen 3 Meter und 150 kg, laufen in Sprints bis zu 20 km/h und haben giftige Bisse, die mit Bakterien belastet sind. Ranger begleiten jede Gruppe, doch die Gefahr ist real, wenn Besucher Anweisungen ignorieren, sich Waranen nähern oder allein umherwandern. Im Jahr 2007 gab es einen tödlichen Angriff, und Bisse erfordern sofort medizinische Behandlung.
Meeresströmungen sind die zweitgrößte Gefahr. Plätze wie Manta Point können kräftige Drift und Sog erzeugen, die selbst erfahrene Schwimmer herausfordern. Guides beurteilen die Bedingungen meist, bevor sie den Einstieg erlauben, doch das eigene Urteilsvermögen zählt – über die eigenen Fähigkeiten hinaus in starker Strömung zu schwimmen, ist wirklich gefährlich. Die dritte Gefahr ist die Isolation. Auf keiner der Inseln des Parks gibt es Krankenhäuser. Labuan Bajo verfügt über grundlegende Einrichtungen, doch ernsthafte Notfälle erfordern eine Evakuierung nach Bali, was Zeit und Koordination kostet. Das Wetter verschärft alles: Die Flores-See kann schnell rau werden, besonders in der Regenzeit (November–April), und Bootspannen oder Verzögerungen bei schlechtem Wetter machen Sie von der Vorbereitung der Crew abhängig. Gute Anbieter führen Funkgeräte, Satellitentelefone, Schwimmwesten und Notfallpläne mit. Schlechte Anbieter womöglich nicht. Eine sorgfältige Wahl ist selbst eine Sicherheitsmaßnahme.

