कोमोडो में सबसे बड़े खतरे वन्यजीव मुठभेड़, मजबूत समुद्री धाराएं, दूरस्थ चिकित्सा पहुंच और मौसम से संबंधित जोखिम हैं। कोमोडो ड्रैगन इस सूची में सबसे ऊपर है: नर 3 मीटर और 150 किलोग्राम तक पहुंचते हैं, 20 किमी/घंटा की गति से दौड़ते हैं, और बैक्टीरिया से भरे जहरीले काटने वाले होते हैं। रेंजर्स हर समूह के साथ होते हैं, लेकिन खतरा वास्तविक है यदि आगंतुक निर्देशों की अनदेखी करते हैं, ड्रेगन के पास जाते हैं, या अकेले घूमते हैं। 2007 में एक घातक हमला हुआ, और काटने पर तत्काल चिकित्सा ध्यान देने की आवश्यकता है।
समुद्री धाराएँ दूसरा बड़ा ख़तरा हैं। मंटा प्वाइंट जैसी साइटें शक्तिशाली बहाव और उछाल उत्पन्न कर सकती हैं जो अनुभवी तैराकों को चुनौती देती हैं। मार्गदर्शक आमतौर पर प्रवेश की अनुमति देने से पहले स्थितियों का आकलन करते हैं, लेकिन व्यक्तिगत निर्णय मायने रखता है-तेज धारा में अपनी क्षमता से परे तैरना वास्तव में खतरनाक है। तीसरा ख़तरा है अलगाव. पार्क के किसी भी द्वीप पर कोई अस्पताल नहीं है। लाबुआन बाजो में बुनियादी सुविधाएं हैं, लेकिन गंभीर आपात स्थिति के लिए बाली में निकासी की आवश्यकता होती है, जिसमें समय और समन्वय लगता है। मौसम हर चीज को प्रभावित करता है: फ्लोरेस सागर तेजी से उग्र हो सकता है, खासकर गीले मौसम (नवंबर-अप्रैल) के दौरान, और खराब मौसम में नाव के खराब होने या देरी होने से आप चालक दल की तैयारी पर निर्भर हो जाते हैं। अच्छे ऑपरेटर रेडियो, सैटेलाइट फोन, लाइफ जैकेट और आपातकालीन योजनाएं रखते हैं। ख़राब ऑपरेटर नहीं हो सकते. सावधानीपूर्वक चयन करना अपना सुरक्षा उपाय है।

