Komodo National Park is veilig voor bezoekers die de gebruikelijke voorzorgsmaatregelen nemen en het milieu respecteren. Als UNESCO-werelderfgoed, opgericht in 1980, valt het park onder het Indonesische ministerie van Milieu en Bosbouw, met vaste protocollen voor parkwachters, gemarkeerde paden en gereguleerd toerisme. Het grootste veiligheidsaspect is de komodovaraan zelf: 's werelds grootste hagedis, met mannetjes tot 3 meter lang en 150 kg. Parkwachters begeleiden alle toeristen op Komodo en Rinca, dragen houten gevorkte stokken om menigten te beheersen en handhaven strikte regels over afstand en gedrag. Bezoekers wordt verteld bij hun groep te blijven, varanen niet te benaderen of te voeren, en kinderen goed in de gaten te houden.
Naast het wild vraagt ook het mariene milieu van het park om aandacht. Sommige snorkelplekken, zoals Manta Point, kennen sterke stroming en deining, terwijl andere, zoals Kanawa Island, rustiger zijn en beter geschikt voor beginners. Gidsen houden zwemmers meestal vanaf de boot in de gaten of gaan zelf het water in. Zwemvesten worden sterk aanbevolen, vooral voor minder zekere snorkelaars. Op de eilanden zelf zijn geen ziekenhuizen. Labuan Bajo biedt basale medische zorg, en bij ernstige noodgevallen kan evacuatie naar Bali nodig zijn. Een reisverzekering die medische evacuatie dekt, wordt sterk aanbevolen. Het terrein is ruig en droog, met temperaturen tot ongeveer 40°C in het droge seizoen (mei–oktober), dus zonbescherming, voldoende water en goed schoeisel voor wandelingen zoals de uitzichtpunten van Padar Island zijn essentieel.

