โดยทั่วไปเรือทัวร์โคโมโดจะปลอดภัยเมื่อดำเนินการโดยบริษัทที่ได้รับอนุญาตและจัดตั้งขึ้นซึ่งดูแลเรือของตนอย่างเหมาะสม เรือประเภทหลักสองประเภท ได้แก่ เรือฟินีซี ซึ่งเป็นเรือใบไม้แบบดั้งเดิมของอินโดนีเซียที่ใช้สำหรับการล่องเรือไปกลับลาบวนบาโจ และเรือยนต์ขนาดใหญ่ที่สร้างขึ้นสำหรับการข้ามทะเลเปิดจากลอมบอกไปยังฟลอเรส ทั้งสองประเภทสามารถเดินทะเลได้และมีอุปกรณ์ครบครัน แต่มาตรฐานแตกต่างกันอย่างมากทั่วทั้งอุตสาหกรรม เรือที่มีชื่อเสียงจะมีเสื้อชูชีพสำหรับผู้โดยสารทุกคน วิทยุ VHF ทางทะเล ระบบนำทาง GPS และโทรศัพท์ดาวเทียม ลูกเรือมักประกอบด้วยกัปตันที่มีประสบการณ์ในท้องถิ่นหลายปีและเข้าใจรูปแบบตามฤดูกาลของทะเลฟลอเรส
ปัญหาด้านความปลอดภัยมักเกิดขึ้นกับผู้ปฏิบัติงานที่มีงบประมาณจำกัดในการบำรุงรักษา การฝึกอบรมลูกเรือ หรืออุปกรณ์ กฎระเบียบทางทะเลของอินโดนีเซียมีอยู่ แต่การบังคับใช้อาจไม่สอดคล้องกัน ก่อนทำการจอง ให้ถามคำถามเฉพาะเจาะจง: มีเสื้อชูชีพสำหรับผู้โดยสารทุกคนหรือไม่? มีอุปกรณ์สื่อสารอะไรบ้างที่อยู่บนเครื่อง? ลูกเรือมีการฝึกอบรมการปฐมพยาบาลเบื้องต้นหรือไม่? มีแผนอย่างไรหากมีคนต้องการการอพยพทางการแพทย์? ไม่มีโรงพยาบาลในอุทยานแห่งชาติโคโมโด ดังนั้นความสามารถของเรือในการติดต่อกับชายฝั่งและประสานงานเรื่องการขนส่ง บน lombok-indonesia.org เราทำงานร่วมกับเรือ เช่น เรือระดับกลางและเรือพรีเมียม ส่วนหนึ่งเป็นเพราะเรือเหล่านี้มีคุณสมบัติตรงตามมาตรฐานด้านความปลอดภัยและการบำรุงรักษาที่สม่ำเสมอ ตัวเรือจะปลอดภัยพอๆ กับผู้คนที่ควบคุมเรือเท่านั้น

