De ruwste zee bij Komodo treedt doorgaans op tijdens het regenseizoen, van november tot en met april. Januari en februari zijn vaak de onrustigste maanden, met meer regenval, sterkere wind en een grotere kans op stormen in de Floressee. Ook december kan ruwe omstandigheden brengen, vooral rond de moessonovergang. Hoewel Komodo over het geheel een van de droogste regio's van Indonesië is, zorgt het regenseizoen toch voor genoeg weer om bootschema's te verstoren en oversteken oncomfortabel te maken.
Het droge seizoen van mei tot oktober daarentegen biedt de kalmste en meest voorspelbare zee. Juli tot en met september is over het algemeen de piekperiode voor vlot varen, heldere luchten en betrouwbare routes. Mei en oktober zijn overgangsmaanden: meestal redelijk, maar met af en toe wisselvalligheid wanneer de seizoenen verschuiven.
Als je de oversteek van Lombok naar Flores boekt, is het seizoensverschil belangrijker dan bij korte dagtrips vanuit Labuan Bajo. Het open-zeedeel van de oversteek is in het regenseizoen aanzienlijk ruwer, en operators kunnen vaker annuleren of de route wijzigen. Voor de beste kans op kalm water plan je je reis tussen juni en september. Als je in het regenseizoen moet reizen, bouw dan flexibiliteit in je schema in en controleer het annuleringsbeleid bij slecht weer van je operator voordat je betaalt.

