Laut paling bergelora di Komodo biasanya berlaku semasa musim hujan, dari November hingga April. Januari dan Februari selalunya merupakan bulan yang paling tidak tenang, dengan peningkatan hujan, angin lebih kuat, dan kebarangkalian ribut yang lebih tinggi di Laut Flores. Disember juga boleh membawa keadaan kasar, terutamanya sekitar peralihan monsun. Walaupun Komodo adalah salah satu wilayah paling kering di Indonesia secara keseluruhan, musim hujan masih memberikan cuaca yang mencukupi untuk mengganggu jadual bot dan membuat lintasan tidak selesa.
Sebaliknya, musim kemarau dari Mei hingga Oktober menawarkan laut yang paling tenang dan boleh diramal. Julai hingga September biasanya merupakan tingkap puncak untuk pelayaran yang lancar, langit cerah dan jadual perjalanan yang boleh dipercayai. Mei dan Oktober berfungsi sebagai bulan bahu-biasanya baik, tetapi dengan kebolehubahan sekali-sekala mengikut peralihan musim.
Jika anda menempah lintasan Lombok-ke-Flores, perbezaan bermusim lebih penting daripada perjalanan singkat Labuan Bajo sehari. Bahagian laut terbuka lintasan adalah jauh lebih kasar semasa musim hujan, dan pengendali mungkin membatalkan atau mengubah laluan dengan lebih kerap. Untuk mendapatkan peluang terbaik air tenang, rancang perjalanan anda antara Jun dan September. Jika anda mesti melakukan perjalanan semasa musim hujan, bina fleksibiliti dalam jadual anda dan sahkan dasar pembatalan cuaca pengendali anda sebelum anda membayar.

