Najbolj razburkano morje v Komodo je običajno v deževni sezoni, od novembra do aprila. Januar in februar sta pogosto najbolj nemirna meseca, s povečano količino padavin, močnejšimi vetrovi in večjo verjetnostjo neviht v morju Flores. December lahko prinese tudi težke razmere, zlasti okoli monsunskega prehoda. Medtem ko je Komodo ena izmed najbolj suhih regij v Indoneziji na splošno, mokra sezona še vedno zagotavlja dovolj vremena, da zmoti vozni red čolnov in naredi prehode neprijetno.
Nasprotno pa sušno obdobje od maja do oktobra ponuja najmirnejše in najbolj predvidljivo morje. Od julija do septembra je na splošno največje obdobje za gladko jadranje, jasno nebo in zanesljive poti. Maj in oktober služita kot mejna meseca – običajno spodobna, vendar z občasno spremenljivostjo, ko se letni časi spreminjajo.
Če rezervirate pot od Lomboka do Floresa, je sezonska razlika pomembnejša kot pri kratkih dnevnih izletih Labuan Bajo. Del prehoda na odprtem morju je med deževno sezono precej bolj nemiren in operaterji lahko pogosteje prekličejo ali preusmerijo pot. Za najboljše možnosti za mirno vodo načrtujte svoje potovanje med junijem in septembrom. Če morate potovati med deževno sezono, v svoj urnik vključite prilagodljivost in pred plačilom potrdite politiko operaterja o vremenski odpovedi.

