El mar más agitado en Komodo suele darse durante la temporada de lluvias, de noviembre a abril. Enero y febrero suelen ser los meses más inestables, con más lluvias, vientos más fuertes y mayor probabilidad de tormentas en el mar de Flores. Diciembre también puede traer condiciones difíciles, sobre todo durante la transición del monzón. Aunque Komodo es una de las regiones más secas de Indonesia en general, la temporada de lluvias sigue trayendo tiempo suficiente para alterar los horarios de los barcos y hacer incómodas las travesías.
En cambio, la temporada seca, de mayo a octubre, ofrece los mares más tranquilos y predecibles. De julio a septiembre es, en general, el periodo de máxima calma para navegar, con cielos despejados e itinerarios fiables. Mayo y octubre son meses intermedios: normalmente bastante buenos, pero con cierta variabilidad ocasional mientras cambian las estaciones.
Si reserva la travesía de Lombok a Flores, la diferencia estacional importa más que en las cortas excursiones de un día desde Labuan Bajo. La parte de mar abierto de la travesía es bastante más agitada durante la temporada de lluvias, y los operadores pueden cancelar o modificar la ruta con más frecuencia. Para tener más probabilidades de agua tranquila, planifique su viaje entre junio y septiembre. Si debe viajar en temporada de lluvias, deje flexibilidad en su agenda y confirme la política de cancelación por mal tiempo de su operador antes de pagar.

