科莫多最洶湧的大海通常發生在十一月至四月的雨季。一月和二月通常是最不穩定的月份,降雨量增加,風力更強,弗洛勒斯海發生風暴的可能性更高。十二月也可能帶來惡劣的天氣,特別是在季風過渡期間。雖然科莫多島是印尼最乾旱的地區之一,但雨季的天氣仍然足以擾亂船隻的時間表並導致過境不舒服。
相較之下,五月至十月的旱季是最平靜、最容易預測的海洋。七月至九月通常是航行順利、天空晴朗和行程可靠的高峰窗口。五月和十月是平月——通常不錯,但隨著季節的變化偶爾會有變化。
如果您預訂龍目島至弗洛勒斯島的過境點,季節差異比短途納閩巴焦一日遊更重要。在雨季期間,該過境點的公海部分會更加崎嶇,營運商可能會更頻繁地取消或改變路線。為了獲得平靜水面的最佳機會,請規劃六月至九月之間的旅行。如果您必須在雨季出行,請彈性安排行程,並在付款前確認營運商的天氣取消政策。

