Če se vreme med potovanjem po Komodo poslabša, izkušeni kapitani prilagodijo načrt, da ohranijo varnost. Morje Flores je znano po hitrih vremenskih spremembah, zato kapitani nenehno spremljajo razmere s pomorskimi napovedmi, radarjem, kjer je na voljo, in neposrednim opazovanjem. Odziv se lahko glede na resnost giblje od preskoka izpostavljenega mesta za snorklanje in zamenjave z mirnejšim zalivom do odložitve odhoda, spremembe poti do zaščitenih voda ali – če je potrebno – zgodnje vrnitve v Labuan Bajo.
Ugledni čolni imajo komunikacijske radijske naprave, nekateri pa imajo satelitske telefone, kar kapitanom omogoča usklajevanje z drugimi plovili, pristaniškimi oblastmi in njihovo bazo v Labuan Baju. Prednost pri odločanju je vedno varnost potnikov pred dokončanjem načrta poti. Med deževno sezono od novembra do aprila je razburkano morje pogostejše, odpovedi ali pomembne spremembe poti pa pogostejše. Če ste na križarjenju čez noč in se vreme poslabša, bo posadka običajno poiskala najbolj zaščiteno razpoložljivo sidrišče, zavarovala plovilo in počakala na najslabše razmere. Znotraj samega narodnega parka ni varnih pristanišč, primerljivih z Labuan Bajo, zato postaneta zmogljivost čolna in kapitanova presoja kritični. Pred rezervacijo vprašajte svojega operaterja, kako ravnajo z nepredvidljivimi vremenskimi razmerami – strokovne ekipe bodo imele jasne in brez oklevanja odgovore.

