Jeśli podczas wycieczki po Komodo pogoda się pogorszy, doświadczeni kapitanowie dostosowują plan, aby zachować bezpieczeństwo. Morze Floresa znane jest z szybkich zmian pogody, dlatego kapitanowie stale monitorują warunki za pomocą prognoz morskich, radarów, jeśli są dostępne, i bezpośrednich obserwacji. W zależności od dotkliwości reakcja może obejmować pominięcie odsłoniętego miejsca do snorkelingu i zastąpienie spokojniejszej zatoki, opóźnienie wypłynięcia, zmianę trasy na osłonięte wody lub – w razie potrzeby – wcześniejszy powrót do Labuan Bajo.
Renomowane łodzie są wyposażone w radia komunikacyjne, a niektóre w telefony satelitarne, dzięki czemu kapitanowie mogą koordynować działania z innymi statkami, władzami portu i bazą w Labuan Bajo. Priorytetem przy podejmowaniu decyzji jest zawsze bezpieczeństwo pasażerów, a nie realizacja trasy. W porze deszczowej od listopada do kwietnia wzburzone morze jest częstsze i częściej zdarzają się odwołania lub znaczące zmiany tras. Jeśli wybierasz się na nocny rejs i pogoda ulegnie pogorszeniu, załoga zazwyczaj będzie szukać najlepiej chronionego dostępnego kotwicowiska, zabezpieczy statek i przeczeka najgorsze warunki. W samym parku narodowym nie ma bezpiecznych przystani porównywalnych z Labuan Bajo, dlatego zdolność łodzi do żeglugi morskiej i ocena kapitana stają się krytyczne. Przed dokonaniem rezerwacji zapytaj operatora, jak radzi sobie z nieprzewidywalnymi warunkami pogodowymi – profesjonalne załogi otrzymają jasne i bez wahania odpowiedzi.

