Jika cuaca berubah buruk semasa lawatan Komodo, kapten berpengalaman menyesuaikan rancangan untuk mengekalkan keselamatan. Laut Flores terkenal dengan perubahan cuaca yang pantas, dan kapten memantau keadaan secara berterusan melalui ramalan marin, radar jika ada, dan pemerhatian langsung. Bergantung pada tahap keterukan, tindak balas boleh terdiri daripada melangkau tapak snorkeling terdedah dan menggantikan teluk yang lebih tenang, kepada menangguhkan pelepasan, menukar laluan ke perairan terlindung, atau-jika perlu-balik awal ke Labuan Bajo.
Bot terkenal membawa radio komunikasi dan sesetengahnya mempunyai telefon satelit, membolehkan kapten berkoordinasi dengan kapal lain, pihak berkuasa pelabuhan, dan pangkalan mereka di Labuan Bajo. Keutamaan membuat keputusan sentiasa keselamatan penumpang berbanding penyiapan jadual perjalanan. Semasa musim hujan dari November hingga April, laut bergelora lebih kerap berlaku, dan pembatalan atau perubahan laluan yang ketara berlaku dengan lebih kerap. Jika anda menaiki pelayaran semalaman dan cuaca merosot, anak kapal biasanya akan mencari tempat berlabuh yang paling terlindung yang ada, mengamankan kapal dan menunggu keadaan yang paling teruk. Tidak ada pelabuhan yang selamat di dalam taman negara itu sendiri yang setanding dengan Labuan Bajo, jadi keupayaan menjaga laut bot dan pertimbangan nakhoda menjadi kritikal. Sebelum membuat tempahan, tanya operator anda cara mereka mengendalikan keadaan luar jangka cuaca-krew profesional akan mendapat jawapan yang jelas dan tidak teragak-agak.

