यदि कोमोडो दौरे के दौरान मौसम खराब हो जाता है, तो अनुभवी कप्तान सुरक्षा बनाए रखने के लिए योजना को समायोजित करते हैं। फ़्लोरेस सागर तेजी से मौसम परिवर्तन के लिए जाना जाता है, और कप्तान समुद्री पूर्वानुमान, जहां उपलब्ध हो वहां रडार और प्रत्यक्ष अवलोकन के माध्यम से स्थितियों की लगातार निगरानी करते हैं। गंभीरता के आधार पर, प्रतिक्रिया एक उजागर स्नॉर्कलिंग साइट को छोड़ने और एक शांत खाड़ी को प्रतिस्थापित करने, प्रस्थान में देरी करने, आश्रय वाले पानी के लिए मार्ग बदलने या यदि आवश्यक हो तो लाबुआन बाजो में जल्दी लौटने तक हो सकती है।
प्रतिष्ठित नावें संचार रेडियो ले जाती हैं और कुछ में सैटेलाइट फोन होते हैं, जिससे कप्तानों को अन्य जहाजों, बंदरगाह अधिकारियों और लाबुआन बाजो में उनके बेस के साथ समन्वय करने की अनुमति मिलती है। निर्णय लेने की प्राथमिकता हमेशा यात्रा कार्यक्रम पूरा करने से अधिक यात्री सुरक्षा होती है। नवंबर से अप्रैल तक गीले मौसम के दौरान, समुद्र में उथल-पुथल अधिक आम है, और रद्दीकरण या महत्वपूर्ण मार्ग परिवर्तन अधिक बार होते हैं। यदि आप रात भर क्रूज पर हैं और मौसम खराब हो जाता है, तो चालक दल आम तौर पर उपलब्ध सबसे सुरक्षित लंगरगाह की तलाश करेगा, जहाज को सुरक्षित करेगा, और सबसे खराब स्थिति का इंतजार करेगा। लाबुआन बाजो की तुलना में राष्ट्रीय उद्यान के भीतर कोई सुरक्षित बंदरगाह नहीं है, इसलिए नाव की सीकीपिंग क्षमता और कप्तान का निर्णय महत्वपूर्ण हो जाता है। बुकिंग से पहले, अपने ऑपरेटर से पूछें कि वे मौसम की आकस्मिकताओं को कैसे संभालते हैं-पेशेवर कर्मचारियों के पास स्पष्ट, निसंकोच उत्तर होंगे।

