Los tours por Komodo no son intrínsecamente peligrosos, pero implican riesgos reales que requieren respeto y preparación. El dragón de Komodo es un depredador en la cúspide de la cadena trófica, capaz de correr a 20 km/h en ráfagas cortas, con 60 dientes serrados y mordeduras venenosas. Los guardaparques acompañan a todos los grupos de turistas en Komodo y Rinca para mitigar este riesgo, y los ataques son raros cuando los visitantes siguen las instrucciones. Los incidentes documentados, incluido un ataque mortal en 2007, solían involucrar a personas que estaban solas o fuera de las zonas supervisadas.
Otros riesgos son ambientales. El mar de Flores puede presentar oleaje fuerte y corrientes intensas, sobre todo durante la temporada de lluvias, de noviembre a abril. Algunos puntos de snorkel tienen resaca y deriva que desafían incluso a nadadores capaces. Las islas del parque son secas, calurosas y médicamente aisladas: no hay hospital en Komodo, Rinca ni Padar Island. Un tobillo torcido, una reacción alérgica grave o un problema cardíaco se convierte rápidamente en un problema logístico. La seguridad de los barcos también varía; no todos los operadores mantienen sus embarcaciones al mismo nivel. Los tours de prestigio llevan chalecos salvavidas, equipos de comunicación y tripulación formada. La diferencia entre un tour seguro y uno arriesgado suele depender de la elección del operador, de la preparación personal y de un seguro de viaje que cubra de verdad la evacuación.

