Komodo turları doğası gereği tehlikeli değildir ancak saygı ve hazırlık gerektiren gerçek tehlikeler içerir. Komodo ejderi, 60 tırtıklı dişe ve zehirli ısırıklara sahip, kısa aralıklarla saatte 20 km hızla koşabilen bir zirve yırtıcıdır. Bu riski azaltmak için Komodo ve Rinca’daki her turist grubuna korucular eşlik ediyor ve ziyaretçiler talimatları takip ettiğinde saldırılar nadirdir. 2007’deki ölümcül saldırı da dahil olmak üzere belgelenen olaylar, genellikle yalnız olan veya denetlenen alanların dışında bulunan kişileri içeriyordu.
Diğer riskler çevreseldir. Flores Denizi, özellikle kasım ayından nisan ayına kadar olan yağışlı mevsimde dalgalı denizlere ve güçlü akıntılara neden olabilir. Bazı şnorkel dalış alanlarında yetenekli yüzücüleri bile zorlayacak dalgalanmalar ve sürüklenmeler vardır. Parkın adaları kuru, sıcak ve tıbbi açıdan izole durumda; Komodo, Rinca veya Padar’da hastane yok. Burkulmuş bir ayak bileği, şiddetli alerjik reaksiyon veya kalp sorunu hızla lojistik bir sorun haline gelir. Tekne güvenliği de değişiklik gösterir; Tüm operatörler gemilerini aynı standartta tutmaz. Saygın turlarda can yelekleri, iletişim ekipmanları ve eğitimli mürettebat bulunur. Güvenli bir tur ile riskli bir tur arasındaki fark genellikle operatörün seçimine, kişisel hazırlığa ve aslında tahliyeyi kapsayan seyahat sigortasına bağlıdır.

