कोमोडो पर्यटन स्वाभाविक रूप से खतरनाक नहीं हैं, लेकिन उनमें वास्तविक खतरे शामिल होते हैं जिनके लिए सम्मान और तैयारी की आवश्यकता होती है। कोमोडो ड्रैगन एक शीर्ष शिकारी है जो 60 दाँतेदार दांतों और विषैले काटने के साथ, छोटी अवधि में 20 किमी/घंटा की गति से दौड़ने में सक्षम है। इस जोखिम को कम करने के लिए रेंजर्स कोमोडो और रिनका के प्रत्येक पर्यटक समूह के साथ जाते हैं, और जब आगंतुक निर्देशों का पालन करते हैं तो हमले दुर्लभ होते हैं। 2007 में हुए घातक हमले सहित प्रलेखित घटनाओं में आम तौर पर वे लोग शामिल थे जो अकेले थे या पर्यवेक्षित क्षेत्रों से बाहर थे।
अन्य जोखिम पर्यावरणीय हैं। फ़्लोरेस सागर उबड़-खाबड़ समुद्र और तेज़ धाराएँ उत्पन्न कर सकता है, विशेषकर नवंबर से अप्रैल तक गीले मौसम के दौरान। कुछ स्नॉर्कलिंग साइटों में उछाल और बहाव होता है जो सक्षम तैराकों को भी चुनौती देता है। पार्क के द्वीप शुष्क, गर्म और चिकित्सकीय रूप से अलग-थलग हैं – कोमोडो, रिन्का या पाडर पर कोई अस्पताल नहीं है। मुड़े हुए टखने, गंभीर एलर्जी प्रतिक्रिया या हृदय संबंधी समस्या तेजी से एक समस्या बन जाती है। नाव की सुरक्षा भी भिन्न होती है; सभी ऑपरेटर अपने जहाजों को समान मानक पर बनाए नहीं रखते हैं। प्रतिष्ठित पर्यटन जीवन जैकेट, संचार उपकरण और प्रशिक्षित दल ले जाते हैं। एक सुरक्षित दौरे और जोखिम भरे दौरे के बीच का अंतर आमतौर पर ऑपरेटर की पसंद, व्यक्तिगत तैयारी और यात्रा बीमा पर निर्भर करता है जो वास्तव में निकासी को कवर करता है।

