Тури на Комодо за своєю суттю не є небезпечними, але вони пов’язані з реальними небезпеками, які вимагають поваги та підготовки. Комодський варан — це найвищий хижак, здатний розвивати швидкість 20 км/год короткими ривками, має 60 зубчастих зубів і отруйні укуси. Рейнджери супроводжують кожну туристичну групу на Комодо та Рінці, щоб зменшити цей ризик, і напади трапляються рідко, якщо відвідувачі дотримуються інструкцій. Задокументовані інциденти, включно зі смертельним нападом у 2007 році, як правило, стосувалися людей, які були одні або поза зоною контролю.
Інші ризики – екологічні. Море Флорес може викликати бурхливе море та сильні течії, особливо під час дощового сезону з листопада по квітень. У деяких місцях для підводного плавання є хвилі та дрейфи, які викликають труднощі навіть умілим плавцям. Острови парку сухі, жаркі та ізольовані з медичної точки зору — на Комодо, Рінці чи Падарі немає лікарні. Викривлення щиколотки, сильна алергічна реакція чи серцева проблема швидко стають проблемою логістики. Безпека човна також різна; не всі оператори підтримують свої судна за однаковими стандартами. Поважні тури пропонують рятувальні жилети, комунікаційне обладнання та навчену команду. Різниця між безпечним туром і ризикованим зазвичай зводиться до вибору оператора, особистої підготовки та туристичного страхування, яке фактично покриває евакуацію.

