جولات كومودو ليست خطيرة بطبيعتها، ولكنها تنطوي على مخاطر حقيقية تتطلب الاحترام والاستعداد. تنين كومودو هو حيوان مفترس قادر على الركض بسرعة 20 كم/ساعة في دفعات قصيرة، وله 60 سنًا مسننة ولدغات سامة. يرافق الحراس كل مجموعة سياحية في كومودو ورينكا للتخفيف من هذه المخاطر، وتندر الهجمات عندما يتبع الزوار التعليمات. الحوادث الموثقة، بما في ذلك الهجوم المميت في عام 2007، كانت تتعلق عادة بأشخاص كانوا بمفردهم أو خارج المناطق الخاضعة للإشراف.
المخاطر الأخرى بيئية. يمكن أن ينتج بحر فلوريس أمواجًا هائجة وتيارات قوية، خاصة خلال موسم الأمطار من نوفمبر إلى أبريل. تتميز بعض مواقع الغطس بالارتفاع والانجراف مما يشكل تحديًا حتى للسباحين الأكفاء. جزر المنتزه جافة، حارة، ومعزولة طبيًا، ولا يوجد مستشفى في كومودو، أو رينكا، أو بادار. يتحول الكاحل الملتوي أو رد الفعل التحسسي الشديد أو مشكلة القلب إلى مشكلة لوجستية بسرعة. تختلف أيضًا سلامة القوارب؛ لا يحافظ جميع المشغلين على سفنهم بنفس المعيار. تحمل الجولات ذات السمعة الطيبة سترات النجاة ومعدات الاتصالات وطاقم مدرب. عادةً ما يرجع الفرق بين الجولة الآمنة والجولة المحفوفة بالمخاطر إلى اختيار المشغل، والإعداد الشخصي، وتأمين السفر الذي يغطي فعليًا عملية الإخلاء.

