Tur Komodo tidak secara inheren berbahaya, tetapi melibatkan bahaya nyata yang menuntut rasa hormat dan persiapan. Naga Komodo adalah predator puncak yang mampu berlari 20 km/jam dalam semburan singkat, dengan 60 gigi bergerigi dan gigitan berbisa. Ranger mendampingi setiap kelompok turis di Komodo dan Rinca untuk memitigasi risiko ini, dan serangan jarang terjadi selama pengunjung mengikuti instruksi. Insiden yang terdokumentasi, termasuk serangan fatal pada 2007, umumnya melibatkan orang yang sendirian atau berada di luar area yang diawasi.
Risiko lain bersifat lingkungan. Laut Flores dapat menghasilkan laut bergelombang dan arus kuat, terutama selama musim hujan dari November hingga April. Beberapa lokasi snorkeling memiliki gelombang dan hanyutan yang menantang bahkan perenang yang cakap. Pulau-pulau di taman nasional ini kering, panas, dan terisolasi secara medis; tidak ada rumah sakit di Komodo, Rinca, maupun Padar. Pergelangan kaki terkilir, reaksi alergi berat, atau masalah jantung dengan cepat menjadi masalah logistik. Keselamatan perahu juga bervariasi; tidak semua operator merawat kapalnya dengan standar yang sama. Tur yang kredibel membawa jaket pelampung, peralatan komunikasi, dan awak yang terlatih. Perbedaan antara tur yang aman dan yang berisiko biasanya bergantung pada pilihan operator, persiapan pribadi, dan asuransi perjalanan yang benar-benar mencakup evakuasi.

