Туры на Комодо не опасны по своей сути, но они сопряжены с реальными опасностями, требующими уважения и подготовки. Дракон Комодо — высший хищник, способный развивать скорость 20 км/ч короткими очередями, имеющий 60 зазубренных зубов и ядовитые укусы. Рейнджеры сопровождают каждую туристическую группу на Комодо и Ринка, чтобы снизить этот риск, и нападения редки, когда посетители следуют инструкциям. В задокументированных инцидентах, включая нападение со смертельным исходом в 2007 году, обычно участвовали люди, находившиеся в одиночестве или за пределами контролируемых зон.
Другие риски являются экологическими. Море Флорес может вызывать бурное море и сильные течения, особенно в сезон дождей с ноября по апрель. В некоторых местах для подводного плавания есть волны и дрейф, которые бросают вызов даже опытным пловцам. Острова парка сухие, жаркие и изолированные с медицинской точки зрения: на Комодо, Ринка и Падаре нет больницы. Вывих лодыжки, тяжелая аллергическая реакция или проблемы с сердцем быстро становятся проблемой логистики. Безопасность лодок также варьируется; не все операторы поддерживают свои суда в соответствии с одними и теми же стандартами. Авторитетные туры имеют спасательные жилеты, средства связи и обученный экипаж. Разница между безопасным туром и рискованным обычно сводится к выбору оператора, личной подготовке и страховке путешествия, которая фактически покрывает эвакуацию.

