Wycieczki Komodo nie są same w sobie niebezpieczne, ale wiążą się z prawdziwymi zagrożeniami, które wymagają szacunku i przygotowania. Smok z Komodo to drapieżnik szczytowy, który może biegać z prędkością 20 km/h w krótkich seriach, ma 60 ząbkowanych zębów i jadowite ukąszenia. Strażnicy towarzyszą każdej grupie turystów na Komodo i Rinca, aby zminimalizować to ryzyko, a ataki są rzadkie, jeśli odwiedzający postępują zgodnie z instrukcjami. Udokumentowane zdarzenia, w tym śmiertelny atak w 2007 r., dotyczyły zazwyczaj osób przebywających samotnie lub poza nadzorowanymi obszarami.
Inne zagrożenia mają charakter środowiskowy. Morze Floresa może powodować wzburzone morze i silne prądy, szczególnie w porze deszczowej od listopada do kwietnia. W niektórych miejscach do snorkelingu występują fale i dryf, które stanowią wyzwanie nawet dla zdolnych pływaków. Wyspy parku są suche, gorące i odizolowane ze względów medycznych – na Komodo, Rinca i Padar nie ma szpitala. Skręcenie kostki, ciężka reakcja alergiczna lub problemy z sercem szybko stają się problemem logistycznym. Bezpieczeństwo łodzi również jest różne; nie wszyscy operatorzy utrzymują swoje statki w tym samym standardzie. Renomowane wycieczki zapewniają kamizelki ratunkowe, sprzęt komunikacyjny i przeszkoloną załogę. Różnica między bezpieczną a ryzykowną wycieczką zwykle sprowadza się do wyboru operatora, osobistego przygotowania i ubezpieczenia podróżnego, które faktycznie obejmuje ewakuację.

